高新技術企業(yè)專項審計，是依據(jù)高新技術企業(yè)認定辦法相關規(guī)定，對近三年的研發(fā)費用支出情況及高新技術產(chǎn)品（服務）收入情況進行審計，出具審計專項報告。該報告主要用于企業(yè)申辦高新技術企業(yè)或高新技術企業(yè)復審使用。提供給科委、財政、稅務、工商單位及管理層和董事會等相關。

在財務報表審計中，一般不專門提及與高新技術研究開發(fā)費用支出相關的內(nèi)部控制。《專項審計指引》強調(diào)研究開發(fā)費用控制通常屬于申報企業(yè)費用和成本控制的重要組成部分，要求注冊會計師在對研究開發(fā)費用控制進行了解時，需要考慮那些影響研究開發(fā)費用完整性、發(fā)生、準確性和分類的控制點。同時，《專項審計指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務流程通常可能包括的主要活動，如立項和預算管理、人員管理、材料和設備管理以及結項管理等。

1.申請企業(yè)自主選擇第三方審計機構委托業(yè)務(基于對審計機構業(yè)務資質(zhì)、服務團隊、客戶口碑的充分了解)；

2.審計代理公司與申請公司進行初步溝通了解，確定企業(yè)的審計目的和范圍，再由審計公司對申請企業(yè)的審計風險進行專業(yè)評估；

3.評估通過后，雙方簽訂正式的審計服務協(xié)議，明確審計費用、雙方的權利和責任，并進行初步數(shù)據(jù)交接；

4.審計代理公司應當成立專門的項目組，向受委托企業(yè)發(fā)放高新技術企業(yè)專項審計所需材料清單；

5.申請人應根據(jù)資料清單準備相關審核材料；

6.審計代理公司審計工作組根據(jù)企業(yè)數(shù)據(jù)制定高新技術企業(yè)具體審計工作方案，為審計工作的實施打下良好基礎；

7.與被審計企業(yè)確定現(xiàn)場審計時間并出具審計通知書；

8.審核員進入現(xiàn)場，審核企業(yè)提供的審核資料，對期間發(fā)現(xiàn)的審核問題進行詳細記錄，形成審核工作底稿；

9.審核審計工作底稿，并在此基礎上形成初步意見；

10.與被審計企業(yè)交換審計意見；

11.在雙方一致同意的基礎上，為高新技術企業(yè)出具專項審計報告。

高新審計依據(jù)高新技術企業(yè)認定辦法相關規(guī)定，企業(yè)申請高新認定，需要對近三年的財務狀況、研發(fā)費用支出情況及高新技術產(chǎn)品(服務)收入情況進行審計，出具審計專項報告和年度審計報告。

會計師會結合企業(yè)情況，給出一份準備材料的清單。主要是企業(yè)的資產(chǎn)負債表、損益表、總賬、明細賬、科目余額表(到末級科目)、財務憑證、公司的執(zhí)照、章程等等。